从 80 年代后期开始陆续进行了较大力度的实验教学改革，建设了多层次的科学的实验教学体系，建设过程大致分为三个阶段：

第一阶段（80 年代末～1999年），将原来附属于理论课的实验内容独立设课，建立了与理论教学平行的相对独立的实验课程体系。

第二阶段（1999年～2006年，组建化学实验室），整合实验教学课程，优化实验教学内容，将农林类普通化学实验、分析化学实验、有机化学实验整合为基础化学实验，对实验内容进行了更新与优化，在保留部分经典实验项目的基础上，缩减了大量的验证性实验，增加了综合性、设计性实验，使课程体系与内容等方面更切合农林院校的实际，体现了素质教育和实践育人的思想。

第三阶段（2006年以来，化学实验教学中心成立），建立健全实验考核评价指标体系，初步建立了以培养学生基本实验技能和创新能力为目标的实验考核评价标准，促进了实验教学质量的提高，达到了培养“厚基础、宽口径、高素质、强能力”的创新人才的目的。

同时，中心在本专业即应用化学专业实验课程的设置方面同样进行了较大力度的改革，除了强化基础实验外，还设置了综合设计实验课程（课程实训），突出了学生创新能力的培养。